La Fondation Cognacq-Jay est administrée par un Comité de direction. Tous les ans, ce comité dresse le bilan de l'année écoulée et décide des orientations nouvelles.
Le président conduit la politique de la Fondation et met en œuvre les délibérations du Comité. Il approuve le budget des établissements. Il présente au Comité de direction le rapport moral de la Fondation qui détaille les principales évolutions des établissements. Il propose au Comité les nouvelles orientations à prendre pour garantir l'avenir des établissements de la Fondation dans le respect de sa vocation, conformément aux vœux des fondateurs.
La directrice générale assure le suivi permanent de l'activité des établissements, notamment en matière financière, juridique et patrimoniale. Un responsable administratif et financier effectue la gestion financière ainsi que la consolidation comptable en fin d'exercice. Un directeur du développement participe à la politique de promotion de la Fondation et contribue à l'expansion de ses activités dans le respect des orientations définies par le Comité.
Chacun des huit établissements est placé sous la responsabilité d'un directeur, dans le cadre d'une large autonomie de gestion et d'animation, formalisée par une délégation de pouvoir. Chaque directeur exerce ses fonctions en concertation avec la direction générale de la Fondation.
Les actions de la Fondation sont récapitulées annuellement dans un document regroupant trois rapports : celui du président sur la situation morale de la Fondation, celui du trésorier sur la situation financière et celui du commissaire aux comptes.
L'essentiel des bâtiments d'exploitation est la propriété de la Fondation.
