- À travers ses établissements, la Fondation agit essentiellement dans quatre domaines d'activités :
- le secteur de la santé ;
- le secteur médico-social ;
- le secteur social ;
- le secteur de l'éducation.
- En 2007, la Fondation se compose de huit établissements :
- un Établissement hospitalier de soins de suite et de réadaptation, à Paris XVe ;
- un Établissement d'hébergement pour personnes âgées dépendantes, à Rueil-Malmaison (Hauts-de-Seine) ;
- une Maison d'enfants à caractère social, à Champagne-sur-Seine (Seine-et-Marne) ;
- une Maison d'enfants à caractère social, à Monnetier-Mornex (Haute-Savoie) ;
- un Foyer d'accueil médicalisé, à Monnetier-Mornex (Haute-Savoie) ;
- un Lycée privé d'enseignement professionnel, à Argenteuil (Val-d'Oise) ;
- un Institut médico-éducatif, à Paris XVe ;
- des Appartements de coordination thérapeutique, à Paris XIIIe.
- Le nom Cognacq-Jay est encore parfois associé à des institutions avec lesquelles la Fondation n'a plus de lien, en particulier :
- le Prix de la Fondation Cognacq-Jay, créé au lendemain de la première guerre mondiale par les époux Cognacq-Jay pour apporter une aide financière à certaines familles nombreuses, dont la dotation était gérée par l'Institut de France ;
- le Prix Cognacq-Jay de l'Académie des Sciences, pour lequel l'Institut de France a géré pendant plusieurs années la contribution financière de la Fondation ;
- le Musée Cognacq-Jay, propriété de la Ville de Paris, créé après le décès d'Ernest Cognacq en 1928, à partir du legs de la collection privée des époux Cognacq-Jay à la Ville de Paris ;
- le Musée Ernest Cognacq, ouvert en 1907 à Saint-Martin-de-Ré, à la suite d'une donation d'Ernest Cognacq ;
- La Jaÿsina, un jardin botanique alpin que Mme Cognacq-Jay créa en 1906 dans sa ville natale de Samoëns, à laquelle elle en fit don.
