Afin d'améliorer la qualité de leurs prestations et d'anticiper les évolutions futures, les établissements évaluent en interne leur propre fonctionnement.
L'hôpital réalise ainsi régulièrement des enquêtes de satisfaction auprès des personnes hospitalisées, sur la qualité des soins et le service rendu ou plus spécifiquement sur la restauration. Dans les Maisons d'enfants à caractère social, les Appartements de coordination thérapeutique et au Foyer d'accueil médicalisé, des séances d'analyse de la pratique sont également organisées périodiquement. Des entretiens annuels d'évaluation permettent aussi aux salariés de faire part des difficultés rencontrées dans leur travail ou des besoins en formation et d'avoir un retour de la part de leur hiérarchie sur les points à améliorer.
Au sein de l'Établissement d'hébergement pour personnes âgées dépendantes, un Conseil de la vie sociale, constitué de résidants, de représentants des familles et de membres du personnel, se réunit régulièrement pour faire des suggestions concernant la vie quotidienne, décider de l'orientation des loisirs, examiner le budget et veiller à son suivi.
D'autres outils de mesures, plus quantitatifs, permettent de juger de la qualité d'une prise en charge, par exemple la durée moyenne d'un placement ou d'une rééducation ou encore le pourcentage de réussite aux examens. Toutefois, les établissements n'étant pas à but lucratif, ces données sont toujours rapprochées de la réalité de terrain : ce n'est pas parce qu'une prise en charge est de longue durée qu'elle n'est pas de qualité et totalement justifiée.
Des évaluations sont également réalisées par des organismes externes, que ce soit dans le cadre d'une démarche d'accréditation, comme celle en cours pour l'hôpital, ou dans le cadre d'un renouvellement de convention, par exemple pour la Maison d'enfants à caractère social de Monnetier-Mornex.
Des mesures de la qualité d'un tout autre type sont également pratiquées, par exemple celles qui portent sur des points spécifiques comme l'hygiène.
